หลังประกาศภาวะสงครามกับเยอรมัน สิ่งที่อังกฤษแทบจะจัดมาตราการทางการทหารโต้ตอบโดยทันทีคือ การปิดล้อมทางทะเลต่อฝ่ายเยอรมันที่เคยทำมาแล้วในสมัยสงครามครั้งแรก

แต่สงครามครั้งนี้หาได้เป็นเช่นนั้นไม่ หลังความพ่ายแพ้อย่างรวดเร็วของฝรั่งเศส การยาตราทัพเข้ายึดจุดยุทธศาสตร์สำคัญทางทะเลของเยอรมัน กับการที่เยอรมันได้อิตาลี ชาติมหาอำนาจทางทะเลอันดับ4ของโลกเป็นพันธมิตร ทำให้กำลังทางนาวีของเยอรมันที่ด้อยกว่าอังกฤษ ทรงอำนาจขึ้นมาในพริบตา

แม้เยอรมันจะมีกำลังทางผิวน้ำด้อยกว่าอังกฤษ แต่ก็มีเรือรบผิวน้ำที่ทรงอานุภาพจนสร้างความประหลาดใจในสมรรถภาพอันสูงส่งให้แก่ชาติพันธมิตรอยู่หลายลำ เช่น เรือรบหุ้มเกราะชั้น " ดอยช์ลันช์ " เรือลาดตระเวณประจัญบาน " ชาร์นฮอร์สต์" และ " กไนส์เนาส์ " และเรือประจัญบานที่เรียกได้ว่าทรงอานุภาพที่สุดในโลก นั่นคือ เรือชั้น " บิสมาร์ก "

นอกจากนี้ เยอรมันยังมีกองเรือดำน้ำขนาดมหึมา และมีประสิทธิภาพ รวมถึงหลักนิยมสงครามใต้น้ำเหนือกว่าชาติพันธมิตร ทำให้เยอรมันสามารถใช้เรือผิวน้ำและเรือดำน้ำ คอยโจมตีรังควาญและสร้างความพินาศให้แก่กำลังทางนาวีและกองเรือส่งกำลังบำรุงของพันธมิตร

การรบในมหาสมุทรแอตแลนติกเริ่มขึ้น เมื่อเรือโดยสารอังกฤษชื่อ เอเธเนีย ถูกเรืออู ( เรือดำน้ำเยอรมัน ) ยิงจมที่ชายฝั่งสก็อตแลนด์ และยุทธนาวีเพื่อชิงความได้เปรียบของฝ่ายเยอรมันและอังกฤษก็เริ่มขึ้น หลังอังกฤษประกาศสงครามกับเยอรมัน เครื่องบินทิ้งระเบิด จุงเกอร์ส 88 ของเยอรมัน ก็ได้ทิ้งตอร์ปิโดจมเรือบรรทุกเครื่องบิน " คอเรเยียส " ของอังกฤษจม สองสัปดาห์ต่อมา เรืออูของเยอรมันได้ฝ่าแนวป้องกันของฐานทัพสปาการ์ โฟลว์ ไปยิงตอร์ปิโดจมเรือประจัญบาน " รอยัลโอ๊ค " ของอังกฤษได้อีก

อังกฤษ ที่ว่ากันว่า เป็นเจ้าทะเล ได้ถูกกำลังทางเรือของเยอรมันรังควาญอย่างหนัก เรือผิวน้ำและเรือดำน้ำเยอรมันต่างปฏิบัติการจมเรือของอังกฤษได้มากมาย และในเดือนพฤษภาคม ปี1941 เสนาธิการทหารเรือเยอรมันได้ตัสินใจส่งเรือประจัญบานรุ่นใหม่ล่าสุด "บิสมาร์ก" ขนาดระวาง 50,900ตัน ออกปฏิบัติการในแอตแลนติกเพื่อทำลายกองเรืออังกฤษในแอตแลนติกเหนือพร้อมกับเรือลาดตระเวณหนัก "ปริ๊นซ์ อูเก้น" ออกรบด้วยอีก1ลำ

อังกฤษจึงประกาศศักดามหาอำนาจทางเรือโดยส่งเรือลาดประเวญประจัญบานขนาดยักษ์ "ฮู้ด" ที่เป็นเรือที่ทรงพลังที่สุดในอังกฤษและเรือประจัญบานรุ่นใหม่" ปริ๊นซ์ ออฟ เวลล์ " ออกสกัดกั้นบิสมาร์ก และได้ทำยุทธนาวีที่ช่องแคบเดนมาร์ก ผลคือ เรือฮู้ด ถูกบิสมาร์กยิงจม และบิสมาร์ก ยังสามารถสร้างความเสียหายอย่างหนักให้แก่ปริ๊นซ์ ออฟ เวลส์ ด้วย

หลังจากสูญเสียเรือธงแห่งราชนาวีไป อังกฤษจึงได้ส่งกองกำลังออกไล่ล่าเรือบิสมาร์กทั้งเรือรบและอากาศยาน และสามารถรุมโจมตีจนบิสมาร์กเสียหายอย่างหนักจนต้องจมตัวเองที่แอตแลนติกเหนือ

หลังสูญเสียบิสมาร์ก เยอรมันจึงเปลี่ยนหลักสงครามทางเรือ หลีกเลี่ยงการปะทะกับเรือผิวน้ำของอังกฤษ แต่ใช้เรือดำน้ำออกปฏิบัติการแทน

ถึงฝ่ายอังกฤษจะระดมแก้มือกองเรือเยอรมันอย่างหนัก แต่ความสูญเสียก็ยังเพิ่มมากขึ้น ปลายเดือนกรกฏาคม ปี1942 พันธมิตรสูญเสียเรือทั้งสิ้น 7,058,677 ตัน และยังเพิ่มขึ้นอีกเรื่อยๆ การรบในแอตแลนติก ทวีความรุนแรงขึ้นทุกขณะ

พลเรือโท คาร์ล เดอร์นิทซ์ (ต่อมาได้เลื่อนยศเป็นจอมพลเรือ) ผู้บรรชาการกองเรือดำน้ำเยอรมัน ในการปฏิบัติการโจมตีกองเรือลำเลียงของกองทัพพันธมิตรในแอตแลนติก

เรือลำเลียงของกองทัพพันธมิตร ถูกเรืออู(เรือดำน้ำเยอรมัน) ยิงจม มหาสมุทรแอตแลนติก ในช่วงปี1940-1942 เรืออูปฏิบัติการโจมตีกองเรือพานิชย์และเรือลำเลียงของอังกฤษและพันธมิตรอย่างหนัก โดยในเดือนกรกฏาคม ปี1942 พันธมิตรสูญเสียเรือจากการโจมตีของเรืออูไปเป็นจำนวนน้ำหนักถึง7,058,677 ตัน